Program Studi Akuntansi berdiri sejak tanggal 10 Juni 2004, sesuai SK DIKTI No. 2018/D/T/2004 bernaung di bawah Jurusan Pendidikan Akuntansi Fakultas Ilmu Sosial dan Ekonomi  (FISE) Universitas Negeri Yogyakarta (UNY). Saat ini, program studi akuntansi menjadi salah satu program studi di Fakultas Ekonomi Universitas Negeri Yogyakarta (FE UNY). Berdasarkan analisis SWOT, Program Studi Akuntansi menyusun visi sebagai rencana masa depan yang merupakan penjabaran sekaligus langkah strategis untuk merealisasikan visi universitas maupun fakultas.